Если в первой части игры Deus Ex: Invisible War вы от стартового до финишного уровня путешествовали по опасному миру в шкуре Джей-Си Дентона, то на это раз вашим "вторым я" станет специальный агент Алекс Ди (один из четырех клонов Джей-Си), родившийся в зоне Area 51 с серийным номером MJID-0056RQ9872. Кстати, в Америке именем Алекс называют как мужчин, так и женщин. Так что — в самом начале игры вы должны определиться с полом своего персонажа. Что касается "стариков", то, помимо постаревшего Джей-Си, на пути Алекса Ди встретится Пол Дентон. Комичность ситуации в том, что в одной из развилок первой части этот персонаж отправлялся на тот свет. Видимо, сценаристы уготовили для него какую-то важную роль. Из былых знакомых также вернутся Трэйсер Тонг и Николетт ДюК-лар.

Еще одной причиной смены главного героя является тот факт, что в игре Deus Ex к концу своего пути Джей-Си Дентон был прокачан до такой высокой степени, что внедрение сейвов во вторую часть убило бы весь баланс грядущей игры. По части RPG-составляющей разработчики сделали весьма неоднозначный ход. Они упразднили систему аргументаций и скиллов. Вместо них заготовлены некие биомоды. Как и раньше, в тело агента вживляются всевозможные имплантанты. Причем повысилось не только количество мест на теле, но и богатство выбора. Только теперь все. получаемые в качестве вознаграждения или приобретаемые за деньги, биомоды делятся на официальные, в качестве которых не стоит сомневаться, и на пиратские. К последним относятся нанотехнологии, вышедшие из-под контроля властей и попавшие на черный рынок, могущие дать сбой в самый неподходящий момент.

Стоит заметить, что казавшиеся ранее слабыми особенности для соблюдения баланса отныне соединены вместе. Например, имплантант для легких значительно развивает плавательные навыки: каждый новый слой жабр дает прибавление в дыхательных функциях и в скорости передвижения под водой, а максимально модернизированные легкие позволяют персонажу плавать быстрее, если бы он преодолел это же расстояние бегом по асфальту, и полностью обходиться под водой без кислорода. По компьютерной игре Deus Ex: Invisible War даже был когда то снять фильм, который вы можете найти на megogo.net, а так же посмотреть самые новые фильмы онлайн бесплатно. Многие из которых как не странно снимаются по компьютерным играм.